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O que é uma variante do coronavírus do SRA-CoV-2?
Texto atualizado em 2021-01-14
Uma variante do coronavírus é uma estirpe viral caracterizada pela presença de certas sequências específicas dentro do seu material genético. Quando uma nova variante se torna prevalecente, os pesquisadores geralmente lhe dão um nome.
Variante é um termo usado para descrever uma forma do SRA-CoV-2 que tem uma ou mais letras específicas em certas posições na sua sequência genómica e que é diferente da forma original mas não tão diferente que possa ser chamada de outro coronavírus. No início da epidemia, em Dezembro de 2019, havia muito poucas variantes do coronavírus da SRA-CoV-2: os genomas retirados dos primeiros doentes em Wuhan eram todos idênticos dentro de poucas letras. (Veja a pergunta O que é uma mutação para o coronavírus do SRA-CoV-2?). Existem agora vários milhares de variantes do SRA-CoV-2 que podem ser agrupadas em linhas de mutação. Algumas variantes são mais prevalecentes do que outras. Foram propostos sistemas de nomenclatura para nomear estas linhas.
Como é que detectamos as diferentes variantes?
Para detectar variantes, os coronavírus coletados de pacientes com COVID-19 precisam ser sequenciados, ou seja, identificar a seqüência particular de letras em seu genoma, e então comparar as seqüências dos genomas para reconstruir em que ordem e em que momento as mutações ocorreram (Veja a pergunta sobre variantes notáveis, Que variantes do coronavírus da SRA-CoV-2 chamaram a atenção?). Cuidado com o efeito lupa: dependendo do país, a sequência é feita de forma diferente. Alguns países, como o Reino Unido ou a Dinamarca, sequenciam as amostras de quase 10% dos doentes infectados, pelo que é mais provável que descubram variantes do que outros países, como a França, que utilizam muito pouca sequenciação (apenas 0,1% das amostras são sequenciadas em França) (Ver a pergunta sobre a Variante VoC 202012/01, também chamada B1.1.7, O que se sabe sobre a variante britânica?). A descoberta de uma variante depende assim da presença da variante, mas também da sua pesquisa!
Fontes de informação
Quando a epidemia começou em dezembro de 2019, os genomas retirados dos primeiros pacientes em Wuhan eram todos idênticos dentro de poucas letras. Em Abril de 2020, havia uma média de 9,6 mutações entre dois genomas do coronavírus SRA-CoV-2 seleccionados aleatoriamente, entre todos os disponíveis. Isto mostra que a epidemia começou com um vírus inicial correspondente a uma única sequência e que as mutações se acumularam ao longo do tempo nos diferentes ramos.
van Dorp, L., Acman, M., Richard, D., Shaw, L. P., Ford, C. E., Ormond, L., ... & Balloux, F. (2020). Emergência da diversidade genómica e mutações recorrentes no SRA-CoV-2. Infecção, Genética e Evolução, 104351.A análise em julho de 2020 de 10 022 CoV-2-SARS genomas de pacientes de 68 países identificou 5775 variantes. As três variantes mais comuns foram: 3037C > T (mutação sinônima, ou seja, mutação que não altera a proteína, 6334 amostras), P4715L (mutação que altera a proteína 1ab, 6319 amostras) e D614G (mutação que afeta a proteína Spike, 6294 amostras). Foram identificados seis clades principais: o clade basal responsável pelos primeiros casos detectados de COVID-19, D614G, L84S, L3606F, D448del e G392D. Um clade é um grupo de variantes. A linhagem também é utilizada para descrever um grupo de variantes. O clade D614G tornou-se a variante mais comum desde Dezembro de 2019.
Koyama, T., Platt, D., & Parida, L. (2020). Análise de variantes dos genomas da SRA-CoV-2. Boletim da Organização Mundial da Saúde, 98(7), 495.Os países com mais sequências do SRA-CoV-2 publicadas são o Reino Unido (38,9% do total de sequências) e os Estados Unidos (22,7% do total de sequências).
Furuse, Y. (2020). Esforço de sequenciação genómica da SRA-CoV-2 por país durante a Pandemia. Revista Internacional de Doenças Infecciosas.Actualmente não existe um método consensual internacionalmente acordado para nomear as diferentes variantes do SRA-CoV-2. Este artigo apresenta uma nomenclatura racional e dinâmica que utiliza um quadro filogenético para identificar as linhas que mais contribuem para a propagação activa do coronavírus.
Rambaut, A., Holmes, E. C., O'Toole, Á., Hill, V., McCrone, J. T., Ruis, C., ... & Pybus, O. G. (2020). Uma proposta de nomenclatura dinâmica para as linhagens do SRA-CoV-2 para auxiliar a epidemiologia genómica. Microbiologia da natureza, 5(11), 1403-1407.